O trato gastrointestinal é habitado por cerca de 100 trilhões de microrganismos, com inúmeras espécies diferentes de bactérias, que compõem a microbiota intestinal (popularmente conhecida como flora intestinal), exercendo papel importantíssimo na manutenção da nossa saúde. A microbiota intestinal é única para cada individuo e modifica-se ao longo da vida, dependendo de múltiplos fatores para essa modificação. Em condições adequadas, esses microrganismos não são capazes de causar doenças – eles ajudam na digestão dos nutrientes através da liberação de enzimas gastrointestinais que auxiliam na formação de ácidos graxos de cadeia curta (AGCC).
AGCC transformam fibras da dieta em açúcares simples, prontos para serem absorvidos e que favorecem a absorção e metabolismo de nutrientes. Também são os principais atores na formação da barreira de defesa do intestino (muito importante para o nosso sistema imune).
A colonização da microbiota intestinal começa logo após o nascimento com microrganismos provenientes da mãe, que se diferenciam através do parto, sendo uma colonização diferente entre o parto normal e a cesárea.